منذ مطلع عام 2016، لم تتوقف الكرامة عن توثيق حالات الاختفاء القسري في مصر وإحالتها على الفريق العامل المعني بحالات الاختفاء القسري أو غير الطوعي بالأمم المتحدة، آخرها حالة عمر محمد علي حمد و محمود إبراهيم مصطفى عطية، اللذين اختفيا أثناء مجزرة رابعة العدوية في 14 أغسطس 2013. أما عبد الرحمن السيد محمود حسن و باسم أحمد شفيق أحمد و إسلام عيد زكي قرقورة فقد اختفوا على التوالي في 18 آب/أغسطس 2015، و 20 و 25 شباط/فبراير 2016. ولا تمثل هذه الحالات إلا الجزء الظاهر من جبل الجليد،

واجه إعلان السلطات المصرية عن تنازلها للسعودية عن جزيرتي تيران وصنافير الواقعتين في البحر الأحمر موجة انتقادات كبيرة في مصر. وفي 15 أبريل /نيسان 2015 نظّم المواطنون تجمعات سلمية في مختلف أنحاء البلاد احتجاجا على الصفقة بين البلدين. ورغم أن الناس نزلوا إلى الشوارع في البداية للتعبير عن سخطهم إزاء هذا التنازل، إلا أنّ العديد من شعاراتهم كانت موجهة ضد استبداد النظام وقمع جهاز أمن الدولة. ثم نظمت احتجاجات سلمية مماثلة في 25 نيسان/أبريل 2016.

أعلنت وزارة الداخلية في 24 يناير 2016، عن مقتل محمد حمدان محمد علي، 32 عاماً، خلال عملية قامت بها شرطة في بني سويف جنوبي القاهرة. والواقع أن الضحية كان مختفيا منذ أن ألقي عليه القبض في 10 يناير 2016، و عندما سمحت لأقاربه برؤية جثته، لاحظوا أنه يحمل علامات واضحة للتعذيب مما جعلهم يعتقدون أن السلطات تتستر على الظروف الحقيقية لوفاته.

ألقي القبض على ياسر عيسوي في تشرين الأول/أكتوبر 2013، ونقل أواخر آذار/مارس 2016، على وجه السرعة إلى أحد مستشفيات القاهرة لتجرى له عملية جراحية. تجاهلت السلطات توصيات الفريق الطبي، وأعادته إلى السجن قبل أن يستعيد عافيته، وحرمته في الآن نفسه من العلاج معرضة بذلك حياته للخطر.