كما أفاد السيد محمد أحمد وابد أنه تعرض للضرب المبرح والشتم وتلقى تهديدات بالقتل، بالإضافة إلى تعليقه مرارا من قدميه لفترة طويلة، إلى جانب تعرضه مرات عدة للتعذيب بواسطة الصدمات الكهربائية، على جميع أنحاء جسده.

ثم اقتيد إلى مطار بغداد حيث تم تسليمه إلى ضباط أمريكيين آخرين لاستجوابه من جديد، فأجبر على إثر ذلك على خلع ملابسه، وبعد تقييد يديه وقدميه، وضِع داخل غرفة توصف عادة بـ"الصندوق الأسود".

ودون أن يفسحوا له أدنى فرصة لاسترداد أنفاسه، استمر معذبوه في تعريضه دون انقطاع لمعاملة لاإنسانية بغية إجباره على تحرير شهادة يعترف من خلالها ان قدِم إلى العراق للقيام بـ "أعمال المقاومة".

وفي 1 حزيران/ يونيو 2005 تم نقله إلى سجن أبو غريب حيث ظل معتقلا ما يقرب من شهرين قبل نقله إلى ثكنة عسكرية في جنوب العراق أين ظل محتجزا لمدة 10 أشهر، قبل أن ينقل من جديد إلى سجن أبو غريب، ثم ليعاد نقله إلى مطار بغداد أين أبلِغ، فور وصوله، وحتى قبل محاكمته، بأنه سوف يحكم عليه بالسجن لمدة 15 عاما وأنه سيتم تسليمه إلى السلطات الجزائرية.

وبعد ذلك بأسبوعين، أي في 15 حزيران/ يونيو 2006، تم أخذ أقواله لأول المرة في أحد المكاتب، بحضور ضباط أمريكيين وعراقيين قدموا أنفسهم باعتبارهم أعضاء في المحكمة، مع تعيين "محامية" من قبل المحكمة لتولي الدفاع عنه خلال جلسة الاستماع، غير أن هذه المحامية اكتفت طيلة مجريات الجلسة بتوجيه إليه نفس التهم وكيل له سيل من الشتائم من دون أن تكلف نفسها مجرد الإصغاء إلى روايته للأحداث.

ومع ذلك، حرص السيد محمد أحمد وابد على الصدع ببراءته، مذكرا في ذات الوقت "القاضي" بأنه كان يقيم بانتظام على الأراضي العراقية، وأن مشروعه التجاري كان في نماء مستمر قبل أن يلقى عليه القبض بشكل تعسفي والاعتراف كرها، بسبب ما تعرض له من تعذيب، على التوقيع على شهادة ضد إرادته.

وبعد مضي بضعة أشهر، مثُل من جديد أمام نفس "القاضي"، بهيئة دفاع ممثلة في شخص قدم نفسه على انه محام عينته المحكمة. وقد اعترف له "القاضي" بنفسه، عن هشاشة وتناقض التهم الموجهة إليه، لكن مع ذلك، حُكِم عليه بعقوبة سجن لمدة 15 عاما.

وتجدر الإشارة إلى أن السيد محمد أحمد وابد ما لبث يطالب بحقه في تعيين محامي من اختياره لتولي الدفاع عنه، إلا أن سلطات مركز الاعتقال رفضت باستمرار تلبية هذا الطلب.

وبعد إدانته بذلك الحكم، طلب باستئناف الحكم الصادر ضده، من أجل إعادة محاكمته، خلال جلسة تضمن له مساعدة قانونية حقيقية، لكن رفض طلبه باستئناف الحكم الذي أصدرته المحكمة.