و كانت شرطة مدينة سلا قد اعتقلته في 6 فبراير 2003 على خلفية ادعاءات كاذبة قبل أن يفرج عنه وكيل الملك، ليستدعيه من جديد في 13 فبراير 2003 ويودعه السجن من أجل نفس الادعاءات : الإمامة دون ترخيص والتجمع غير المرخص وتكوين جمعية دون ترخيص وانتحال وظيفة وتكوين عصابة... وبدأ التحقيق الذي يستند أساسا على وثائق باطلة مبنية على شهادات تراجع عنها أصحابها بل أشاروا أنهم لم يدلوا بها أبدا ولا يعرفون المشتكى به ولم يقدموا شكاوى ضده ورغم ذلك لبث في السجن.

أشهرا بعد ذلك اهتزت الدار البيضاء لأحداث إرهابية رهيبة، فارتأت السلطات المغربية دمج قضيته مع قضايا معتقلين آخرين متهمين بضلوعهم في الأحداث المذكورة رغم الغياب الواضح لأي عنصر يربط بينه وبينهم أو بينه وبين الأحداث خاصة وأنه كان معتقلا آنذاك، ليحكم عليه في 25 سبتمبر 2003 بعشرين سنة سجنا.

خلال المحاكمة رفض رئيس المحكمة استدعاء الشهود المذكورين في المحضر للاستماع إليهم ومواجهتهم لتنسحب هيئة الدفاع اعتراضا على هذا القرار الغريب.

أمام هذه الانتهاكات الجسيمة لحقوقه الأساسية رفعت الكرامة شكوى إلى فريق العمل الأممي المعني بالاعتقال التعسفي توضح فيها الطابع التعسفي لجميع الإجراءات التي قامت بها السلطات المغربية ضد الشيخ محمد حسن الشريف الكتاني. (الرابط )

الحكومة المغربية أكدت في ردها إلى فريق العمل على أنها عملت على توفير كل الضمانات لمحاكمته محاكمة عادلة.إلا أن قرار خبراء فريق العمل الأممي جاء ليبرز صواب شكوى الكرامة والانتهاك الواضح لحقوق الضحية الشيخ محمد حسن الشريف الكتاني، ويضحد الحجج الواهية للسلطات المغربية.

قاسى الشيخ محمد حسن الشريف الكتاني ظروفا سجنية صعبة ولا يزال، وخاض العديد من الإضرابات عن الطعام استنكارا لانتهاك حقوقه كمعتقل سياسي، إلا أن إدارة سجن سلا لا تكترث لذلك بل تمعن في التضييق عليه، فلا حق له في الجرائد والمجلات والكتب التي تجلبها له أسرته بل يتم التحفظ عليها بهدف عزله عن العالم الخارجي. أكثر من ذلك فإن أسرته تعاني الأمرين خلال زيارتها له كل مرة في ظروف مهينة تصل إلى التفتيش الجسدي بطريقة مهينة، زيادة في إذلاله عبر امتهان كرامة أقاربه.

ولا ترغب السلطات المغربية، التي لم تستطع  إثبات ضلوعه في أية جريمة تبرر الاعتقال، في إعادة فتح ملفه في تجاهل صارخ للعدالة ولا المحكمة العليا تود إعادة النظر في ملفه رغم مرور ثماني سنوات على دخوله للسجن.