تؤكد مؤسسة الكرامة لحقوق الانسان استنكارها لاستمرار الممارسات التعسفية للحكومة السودانية في حق منظمات المجتمع المدني الحقوقية منها أو الثقافية والتنموية السودانية عبر الإغلاق والتضييق.
و رصدت الكرامة إغلاق السلطات السودانية خمس مؤسسات خلال أقل من شهرين وهى مركز الدراسات السودانية، ومركز الخاتم عدلان للاستنارة والتنمية البشرية، وبيت الفنون، ومنتدي السرد والنقد، ومركز اصلان لتعليم اللغة الانجليزية، بالإضافة لتعطيل انشطة وندوات بدار الكتاب و مركز محمود محمد طه.

حذرت الكرامة في 24 أكتوبر 2012 الحكومة السودانية من التعامل القمعي و العنيف مع المظاهرات بعد أن رصدت تحرك طلاب دارفور حينها في الجامعات ضد الرسوم الدراسية التي فرضت عليهم هذا العام، رغم وجود قرار رئاسي منذ عام 2011 يعفيهم منها.

تبدى منظمة الكرامة لحقوق الإنسان استيائها من التعامل القمعي والعنيف بحق طلاب الجامعات السودانية، الذين تظاهروا للمطالبة بالحرية والديمقراطية في يونيو الماضي، وواجهتهم قوات الأمن بعنف أسفر عن من مقتل أكثر من عشرة طلاب واعتقال وتعذيب المئات.