قبض عليه أفراد تابعين للأمن السياسي في 27 يونيو 2013 بمكان عمله بأمانة العاصمة صنعاء، ثم أخذوه إلى مكان مجهول حيث ظل معتقلا بمعزل عن العالم الخارجي.

ولم يسمح له بتلقي أول زيارة لأسرته إلا بعد مرور شهرين. وأخبر أسرته أن السلطات تؤاخذه على نقله لزبون على دراجته النارية من مدينة معبر إلى صنعاء، وأن هذا الأخير متورط في الإرهاب. كما أخبر أسرته أنه تعرض للتعذيب، وأجبر على الاعتراف بأنه ضالع في مخطط كان يهدف إلى اغتيال الرئيس اليمني.
عُرِض السيد جميل الضبيبي في 10 نوفمبر 2013، على المحكمة الجزائية المتخصصة في قضايا الإرهاب وأمن الدولة، ضمن مجموعة مكونة من تسعة أشخاص، ووجهت لهم تهمة الاشتراك في عصابة مسلحة خططت مطلع العام 2013 لاغتيال رئيس الجمهورية .

قضت المحكمة في 29 ديسمبر 2013 بإدانة المتهمين، وأصدرت في حقهم عقوبات سجنية تراوحت بين سنتين و10 سنوات، كان نصيب الشاب جميل الضببي أربع سنوات حبسا.

توجهت أسرته نهاية شهر فبراير 2014 إلى السجن المركزي بالعاصمة صنعاء لزيارته كالعادة، لكنها فوجئت باختفائه. وعند السؤال عنه أُخبرت أن عناصر تابعين للمخابرات اقتادوه إلى جهة مجهولة.

التمست الكرامة في ندائها العاجل تدخل الآليات الأممية لدى الحكومة اليمنية، لحثها على وقف ممارسة الاختفاء القسري والتعذيب، و فتح تحقيق في ظروف اختفاء السيد جميل ووضعه تحت حماية القانون، ومتابعة المتورطين.