ومنذ ا توقيفه، ظل معتقلا في عدد من السجون التي تخضع كلها لظروف أمنية مشددة، وذلك دون أدنى محاكمة ولا حتى إجراءات قانونية تقضي بإحالته على قاض أو  على أية سلطة قضائية أخرى.
وشهدت حالته الصحية تدهورا خطيرا  لدرجة وقوعه في حالة غيبوبة وكان معتقلا آنذاك في سجن أبو زعبل، مما دفع بإدارة السجن إلى نقله في شهر شباط ( فبراير) 2007 إلى مستشفى سجن ليمان طرة ( مصر) الذي يخضع هو الآخر لظروف أمنية مشددة، وهو المكان الذي كان يتواجد به وقت توجيه منظمة الكرامة نداءها العاجل في هذا الصدد.
وكان فريق العمل قد راسل الحكومة المصرية في تاريخ 14 ( حزيران) يونيو 2007 يدعوها إلى تقديم توضيحات تبرر فيها اعتقال السيد شامية و كذلك أسباب بقاءه معتقلا طيلة هذه المدة دون محاكمة.

ورغم أن القضاء المصري تعامل بإيجابية وفي مرات عدة في رده على الطلبات بالإفراج عنه، وذلك من خلال إصداره أوامر في هذا الاتجاه بالإفراج عنه، إلا أن السيد شامية بقي معتقلا بمقتضى المادة 3 من القانون رقم 162 لسنة 1958 المتعلق بحالة الطوارئ.
ولم تنف السلطات المصرية في ردها على المراسلة أية معلومة من المعلومات الواردة في إفادة منظمة الكرامة، موضحة أن اعتقال السيد شامية لهذه المدة الطويلة يستجيب "لتدابير وقائية"، وذنبه الوحيد في ذلك أفكاره الدينية التي تعتبرها السلطات المصرية متطرفة، لكنها دون أن توجه إليه السلطات الرسمية أية تهمة، وتم في نهاية المطاف الإفراج عنه، وكان ذلك  يوم 23 تموز ( يوليو ) 2007.

ومع ذلك، تواصل الكرامة بإلحاح في مطالبتها فريق العمل بضرورة تعريف طبيعة هذا الاعتقال، وسجل هذا الأخير بالفعل أن اعتقال السيد مصطفى شامية للفترة الممتدة من 15 كانون الثاني ( يناير) 1994 إلى غاية 23 تموز ( يوليو) 2007 هو اعتقال تعسفي ويشكل انتهاكا للمادة 9 (الحق في الحرية والأمن) والمادة 18 (الحق في حرية الرأي والضمير والدين) والمادة 19 (الحق في حرية التعبير) من الميثاق الدولي الخاص بالحقوق المدنية والسياسية المصادق عليه من طرف مصر في تاريخ 14 كانون الثاني (يناير) 1982.

لكرامة لحقوق الإنسان 16 كانون الثاني ( يناير) 2008