وعقب القبض عليه في أيار / مايو 1994، وُضِع السيد رمضان رهن الاعتقال السري، دون أي مبرر قانوني لعدة أشهر، تعرض خلالها للتعذيب، ثم ظل معتقلا لمدة ثلاث سنوات بناء على أوامر إدارية صادرة عن وزارة الداخلية، وفقا لقانون الطوارئ رقم 162 لعام 1958.

وفي 15 أيلول / سبتمبر 1997، أي بعد أكثر من 3 سنوات من تاريخ إلقاء القبض عليه، تم تقديم السيد رمضان، أمام محكمة الهيكستب العسكرية في القاهرة، رغم كونه لا يحمل أية صفة عسكري، وأصدرت هذه المحكمة بحقه عقوبة السجن مدى الحياة.

وقد أدان فريق العمل المعني بالاعتقال التعسفي، في قراره رقم 18/2008، محاكمة المدنيين أمام المحاكم العسكرية، معلنا أنه من جملة النقائص التي تعتري مثل هذه المحاكمات "محدودية الخبرة القانونية لدى بعض القضاة والمدعين العامين، الذين يتعاملون في العادة مع المخالفات التي يرتكبها أفراد الجيش ضد القانون والمدونات العسكرية، وافتقارهم الواضح إلى الأهلية التي تمكنهم من تقييم الجرائم والمسؤوليات الخاصة بالمدنيين.

وينص هذا الحكم على أن المحاكم العسكرية تفتقر إلى الضمانات اللازمة لإجراء محاكمة عادلة، وكذا افتقارها إلى الاستقلالية اللازمة وفقا للقانون الدولي. وقد أبرز فريق العمل العديد من العناصر الهامة فيما يتعلق باستخدام مصر هذا النوع من المحاكم، منها:

- "الخبرة العالمية تثبت أن ما يسمى بالمحاكم العسكرية تتألف في المقام الأول، من قضاة عسكريين، وإذا كانت ميزة الاستقلالية، تشكل الصفة الضرورية التي يجب أن تتوفر في القاضي لكي يتمكن من ممارسة مهامه، فإن القيمة الرئيسية التي تميز الفرد العسكري هي عكس ذلك تماما، إذ تتمثل بالأساس في التبعية، وواجب الطاعة. "؛

- "القضاة العسكريون هم من ضباط الجيش الذين عينتهم وزارة الدفاع لمدة سنتين، قابلة للتجديد لسنتين إضافيتين وفقا لتقدير الوزارة".

- "وعلاوة على ذلك، من شأن إحالة القضايا إلى المحاكم من قبل السلطة التنفيذية التابعة للحكومة أن ينشئ صلة قوية بين المحاكم العسكرية والسلطة التنفيذية".
وقد استند هذا القرار على ما جاء نقلا عن لجنة حقوق الإنسان، التي أعربت في عام 2002 عن "قلقها كون المحاكم العسكرية ومحاكم أمن الدولة تمنح نفسها الاختصاص لمحاكمة المدنيين المتهمين بالإرهاب، رغم أنه لا توجد ضمانات تكفل استقلالية المحاكم، بالإضافة إلى أن قراراتها غير قابلة للطعن أمام المحكمة العليا (المادة 14 من العهد) (الفقرة 16 من CCPR/C0I76/EGY 

ويخلص فريق العمل المعني بالاعتقال التعسفي إلى أن "حرمان السيد جمعة السيد سليمان رمضان من الحرية، منذ 11 أيار / مايو 1994 هو إجراء تعسفي لكونه يتعارض مع المواد 5، 8، 9، 10، 11، من الإعلان العالمي لحقوق الإنسان والمادتين 9 و 14 من العهد الدولي الخاص بالحقوق المدنية والسياسية ".

وفور اعتماد هذا القرار في 9 أيلول/ سبتمبر 2008، دعا فريق العمل الحكومة من أجل الإفراج الفوري عن السيد رمضان، ورغم ذلك، تطلب الأمر انتظار سنة كاملة، ليتم الإفراج أخيرا في أيلول / سبتمبر 2009 عن السيد رمضان، في حالة صحية سيئة للغاية.

وفي هذا الصدد تدعو الكرامة مصر إلى التعاون مع الإجراءات الخاصة للأمم المتحدة وتنفيذ توصياتها، مثلما وعدت الحكومة القيام به في تعهداتها الطوعية عند تقديم ترشيحها لعضوية مجلس حقوق الإنسان في عام 2007. كما وعدت الحكومة المصرية بأنها ستعمل على "تعزيز نظام الإجراءات الخاصة والآليات الأخرى التابعة للمجلس". ( 23 نيسان/ أبريل 2007 A/61/878)، ويبدو أن مثل هذا التعهد خالي من كل معنى، بما أنه لم يتم تنفيذ توصيات فريق العمل المعني بالاحتجاز التعسفي، إلا بعد مضي عام من تاريخ صدورها.

كما تدين الكرامة استمرار استخدام المحاكم العسكرية في مصر- انظر أيضا قضية خيرات الشطار والمجموعة التي تم القبض عليها معه - وتدعو الحكومة المصرية إلى الإفراج عن جميع المدنيين الذين يحاكمون أمام محاكم عسكرية لدوافع سياسية.