في 8تموز/ يوليو 2011،  قدِم  عناصر من جهاز المباحث السعودية  إلى منزل والده في مدينة الذمام،  بالمنطقة الشرقية من المملكة العربية السعودية،  للقبض على الدكتور يوسف الأحمد، ومن دون استظهار  مذكرة اعتقال ولا توضيح أسباب القبض عليه،  تم اقتياد  الدكتور أحمد إلى السجن، لينقل  لاحقا إلى سجن الإجراءات الجديدة في الرياض

وجاءت عملية القبض على الدكتور الأحمد  بعد يوم واحد من بث  شريط فيديو على موقع يوتيوب دعا فيه وزير الداخلية،  ولي العهد السعودي الأمير نايف بن عبد العزيز آل سعود،إلى ضمان احترام القوانين السعودية فيما يتعلق بالإجراءات الجنائية، وكان الدكتور الأحمد تحدث  بوجه خاص حول  تفشي استخدام الاحتجاز التعسفي، مشيرا إلى رسالته المفتوحة  المؤرخة  17 أيار/ مايو 2011 التي وجهها إلى العاهل السعودي، التي شملت قائمة بأسماء 1225 شخصا اعتقلوا بصورة تعسفية.

وأبلغت الكرامة الإجراءات الخاصة للأمم المتحدة عن  وضع الدكتور الأحمد بعد عدة أيام من اعتقاله التعسفي، فيما طلبت هذه الأخيرة من الحكومة السعودية  الرد على الادعاءات الواردة أعلاه.  وجاء وفقا لتقرير الاتصالات للإجراءات الخاصة في 23 شباط/ فبراير 2012، أن السلطات السعودية لم ترد  على النداء العاجل المشترك الصادر عن الإجراءات الخاصة في 27 تموز 2011، حتى غاية تاريخ 31 كانون الثاني/  يناير 2012.  وبناء عليه تعرب الكرامة عن أسفها إزاء هذا التقاعس الواضح في تعاون الحكومة السعودية مع آليات حقوق الإنسان في الأمم المتحدة.

والمثير للدهشة، أن السلطات السعودية  لم تكتفي برفض شرح أسباب اعتقال الدكتور الأحمد تعسفا، بل تفيد  مصادرنا  بأنه قد تم عرضه أمام  المحكمة الجنائية الخاصة في مدينة الرياض، وهي محكمة مكلفة بالنظر في قضايا المتهمين بالإرهاب.

في الجلسة الأولى  التي جرت وقائعها يوم 29 تشرين الأول 2011،مُنِع محامي الدكتور الأحمد من الحضور  في قاعة المحكمة،  في حين تلا القاضي لائحة الاتهام التي شملت  نحو 20 تهمة منها "دعم منظمة إرهابية"، و"نشر معلومات كاذبة" و "تعكير صفو النظام العام" وقد استندت  هذه التهم أساسا، على تصريحات الدكتور الأحمد، صرح بها في حديثه عن مجموعة واسعة من القضايا  تم بثها من خلال عدة أشرطة فيديو تم بثها على يوتيوب.

وفي الجلسة الثالثة،   قرر القاضي  وضع الدكتور الأحمد في الإقامة الجبرية في منزله، حيث يعود سبب ذلك جزئيا  لحالته الصحية المتردية، لكن رغم ذلك، رفضت وزارة الداخلية تنفيذ هذا القرار، ومن ثم يزال الدكتور الأحمد في سجن الإجراءات الجديدة في الرياض حتى يومنا هذا

وإلى جانب ذلك، لم يستطع الدكتور الاتصال بشكل منتظم ومباشر  مع محاميه حتى غاية منتصف شباط/ فبراير، أي بعد ما يربو على  سبعة أشهر من اعتقاله، وبحسب ما رشح من أخبار، لم يبلغ بموعد جلسات الاستماع إلا ساعات قليلة قبل انعقادها، وبذلك لا يمكن اعتبار أنه  قد استفاد من حقه في الاستشارة القانونية والوقت اللازم لإعداد دفاعه.

في نهاية المطاف،  في 11 نيسان عام 2012، خلصت المحكمة إلى أن الدكتور الأحمد مذنب في أعمال منها «دعم منظمة إرهابية"، و"نشر معلومات كاذبة" و "تعكير صفو النظام العام"، وحكم عليه بعقوبة سجن لمدة 5 سنوات في السجن، تليها حظر على السفر لمدة 5 سنوات، فضلا عن غرامة مالية قدرها 103ألف ريال سعودي ، استنادا إلى مقاطع الفيديو المذكورة أنفا،  التي من ضمن بين أمور تحدث عنها،  تقاعس السلطات في التصدي (معالجة) مسألة  الاعتقال التعسفي في المملكة العربية السعودية.

وكما تم تبيانه أعلاه، فقد ألقي القبض على الدكتور يوسف الأحمد من دون استظهار مذكرة توقيف وقدم أمام قاض لإبلاغه بالتهم الموجهة إليه، بعد قرابة أربعة أشهر من القبض عليه، فتم إدانته على أفعال يحميها الإعلان العالمي لحقوق الإنسان،  بعد محاكمة غير عادلة