عبرت الكرامة للفريق الأممي عن مخاوفها على سلامة السيد نايف الرفاعي، خاصة وأنه تعرض للتعذيب وسوء المعاملة أثناء اعتقاله. وكان أفراد من أسرته، استطاعوا زيارته للمرة الأولى في مارس 2014، قد نقلوا أن وضعيته الصحية سيئة للغاية. للأ سف الشديد توصلت الكرامة بنبأ وفاته في المعتقل قبل تدخل آليات الأمم المتحدة المختصة.

لم تعلم أسرة السيد نايف الرفاعي، التي تشاركها الكرامة حزنها وخسارتها الكبيرة، بخبر وفاته إلا في 6 مايو 2014، حين ذهب أقاربه لزيارته فأخبرهم حراس السجن "أنه توفي قبل تسعة أيام نتيجة إصابته بداء السل وأنه دفن" ولم يسلموهم شهادة وفاة أو حتى بطاقة هويته.

وجهت الكرامة إثر ذلك نداء إلى مقرر الأمم المتحدة الخاص المعني بالقتل خارج نطاق القضاء، ودعته لمطالبة السلطات السورية بفتح تحقيق في ظروف وفاة السيد نايف الرفاعي، وتسليم رفاته فورا إلى أسرته. ومطالبتها أيضا بفتح تحقيق في جميع الوفيات المشبوهة بالمعتقلات، التي قد تكون إعدامات خارج نطاق القضاء، ومتابعة المسؤولين عنها.