وتم محاكمته مجددا من قبل المحكمة العسكرية في القاهرة بعد أشهر قليلة على اقترافه نفس الأفعال، وصدر في حقه مرة أخرى عقوبة 7 سنوات سجنا، وتجدر الإشارة أن هذين الحكمين ذوا طابع تراكمي.

وبعد قضاءه في تشرين الأول / أكتوبر 2003 فترة العقوبتين الصادرتين في حقه بالكامل، أي ما مجموعه 22 سنة سجن، في سجن ليما طره (جنوب القاهرة) وبينما كان ينتظر أن يفرج عنه، أبلغته السلطات رفضها إطلاق سراحه بحجة اتخاذ وزير الداخلية قرارا إداريا بإبقائه رهن الاعتقال متذرعا بالقانون المتعلق بحالة الطوارئ المؤرخ في 06 أكتوبر 1981.

وبناء عليه، راسل السيد الزمر المحكمة الإدارية العليا للطعن في هذا القرار ووافقت هذه الهيئة القضائية على طلبه وأمرت بالإفراج عنه بتاريخ 18 مايو 2004.
وعلى الرغم من هذا القرار القضائي، اعترض وزير الداخلية مرة أخرى على القرار القاضي بالإفراج عنه، وذلك من خلال استخدامه حق النقض.

وأمام هذا الوضع، توجهت الكرامة في 12 آذار/مارس 2009 إلى فريق العمل المعني بقضايا الاعتقال التعسفي، تلتمس منه التدخل لدى السلطات المصرية للإفراج عن السيد الزمر. وبذلك يعتبر هذا الاعتقال، ومنذ تشرين الأول/ أكتوبر 2003، اعتقال تعسفي ينتهك مبادئ العهد الدولي الخاص بالحقوق المدنية والسياسية الذي صدقت عليه مصر في 14 يناير 1982.

ومن بين الأحكام التي تتعارض مع العهد الدولي، نشير إلى المادة 3 من قانون حالة الطوارئ، والتي تنص على أن وزير الداخلية يمكنه"توقيف ووضع رهن الاعتقال أي مشتبه فيه أو أي شخص يهدد النظام العام أو الأمن". ويندرج موضوع الاعتقال الإداري دون توجيه تهمة أو محاكمة، ضمن الصلاحيات الواسعة التي يملكها وزير الداخلية.
ولا يخوّل للمدعي العام ولا لأي سلطة قضائية أخرى صلاحية التدخل أو مراقبة عملية إصدار قرارات الاعتقال الإداري هذه. وعلى الرغم من أن هذا القانون يتضمن إجراء معقد يتيح إمكانية الطعن في الإجراء سالف الذكر، فإن السلطة التنفيذية لا تنفذ القرارات القضائية التي تقضي بإطلاق سراح هؤلاء المعتقلين، وذلك عندما يعترض عليها وزير الداخلية، صاحب حق النقض (الفيتو).

وقد تقدم السيد الزمر عدة مرات، بطلبات جديدة للإفراج عنه، وردت عليها السلطات العدلية بالقبول فأمرت بإطلاق سراحه فورا، غير أن وزارة الداخلية استمرت في رفضها تنفيذ هذه القرارات، وذلك من خلال اتخاذ، عقب كل قرار تصدره المحكمة، قرارا إداريا جديدا لتمديد الاعتقال.