مباشرة بعد ذلك، اقتيد إلى مقر أمن الدولة في لاظوغلي ، وتعرض لتعذيب متواصل لمدة 45 يوما. وحكمت عليه المحكمة العسكرية، على الرغم من كونه مدنيا، دون تمكينه من محامي، بثلاث سنوات سجنا. وكان من المفروض الإفراج خلال شهر مايو 2004، إلا أنه لازال يقبع في السجن لحد الآن.

بعد المحاكمة تم نقله أواخر يونيو 2001، إلى سجن طرة حيث احتجز في زنزانة لا تتجاوز مساحتها 16 مترا مربعا مع 20 سجينا آخر حيث كان عرضة للتعذيب من جديد.

ورغم انقضاء مدة الحكم في مايو 2004. إلا أنه لازال معتقلا تعسفيا ويتنقل بين مختلف السجون المصرية، بناء على أوامر مباحث أمن الدولة طبقا لقانون الطوارئ المعمول به في مصر.

وتنوي الكرامة التي تتابع قضية السيد هشام دياب رفعها إلى الآليات المختصة بالأمم المتحدة.