إلى جانب أنشطته التي تركز على ضرورة تعزيز وحماية الحقوق المدنية والسياسية والدعوة إلى إصلاحات دستورية في المملكة العربية السعودية، بذل الدكتور الخضر جهودا حثيثة من أجل مكافحة انتشار ممارسة الاعتقال التعسفي في البلاد.
وللتذكير، يعمل الدكتور الخضر أستاذا في القانون المقارن، وهو عضو مؤسس في الجمعية السعودية للحقوق المدنية والسياسية في السعودية، كما أنه تميز بالتزام استثنائي وثابت بقضية الإصلاح الدستوري والقضائي، فضلا عن حماية الحقوق المدنية و السياسية في المملكة.

الاضطهاد والأعمال الانتقامية
وقد تعرض هو وأفراد أسرته لمضايقات وترهيب مستمرين من قبل السلطات السعودية، حيث ألقي القبض على اثنين من أبنائه، ثامر عبد الكريم الخضر وجهاد عبد الكريم خضر، وذلك في شهر آذار/ مارس 2010 ومارس 2011، على التوالي.

وتلقى الدكتور الخضر طيلة عام 2012، غستدعاءات متكررة للتحقيق معه، جرى استجوابه خلالها عن أنشطته في إطار جمعية الحقوق المدنية والسياسية في السعودية، وعن فحوى التصريحات التي أدلى بها، والاتصالات التي أجراها مع أشخاص داخل وخارج المملكة وكذلك حول الجهود التي تبذلها الجمعية لتوثيق حالات انتهاك حقوق الإنسان من قبل أجهزة الدولة.

الحكم على الدكتور الخضر، وحملة الترهيب التي تعرض لها محاميه
حُكِم على الدكتور الخضر يوم 24 حزيران/ يونيو، ثماني سنوات سجنا وحظر للسفر لمدة 10 سنوات، كما ألقي القبض على محاميه عبد العزيز الشبايلي، لفترة وجيزة من قبل أجهزة الاستخبارات السعودية بعد صدور الحكم، بسبب قوله للقاضي أن الوقائع المتهم بها موكله لا يعاقب عليها القانون بحكم السجن، وبذلك يبدو جليا أن إدانة السيد الخضر لها صلة مباشرة بنشاطاته في مجال حقوق الإنسان وباعتباره المؤسس المشارك في جمعية الحقوق المدنية والسياسية في السعودية
وقد التمست الكرامة اليوم من المقرر الخاص للأمم المتحدة المعني بالمدافعين عن حقوق الإنسان، تدخله بشكل عاجل لدى السلطات السعودية لتذكيرها بالتزامها باحترام وحماية عمل المدافعين عن حقوق الإنسان ووضع حد فوري لجميع أشكال اضطهاد التي يتعرض لها المدافعون عن حقوق الإنسان، وخاصة أولئك الذين يتعاونون مع آليات الأمم المتحدة لحقوق الإنسان، على النحو المبين في قرار مجلس حقوق الإنسان 12/2، الذي تم اعتماده عندما كانت المملكة العربية السعودية عضوا في المجلس.